Отклонение счета-фактуры
На основании ст. 169 НК РФ счёт-фактура направляется продавцом (подрядчиком, исполнителем) заказчику только после окончательного приема заказчиком товара или услуг.
На основании этого текущей реализации не предусмотрено отклонение счета-фактуры, а доступно только формирование уведомления об уточнении к счет-фактуре, если заказчиком обнаружены какие-либо неточности (ошибки).
Для этого в контекстном меню счета-фактуры необходимо выбрать пункт «Сформировать уведомление об уточнении».
И поставщик сможет сформировать «Исправление» к счету-фактуре. Исправление будет принято к учету.
Более подробную информацию по работе с документами о приемке можно посмотреть в Базе знаний, в документе Руководство пользователя, "Реестр контрактов", Версия 12.0.